Khởi nguồn từ thời tiền Lê, khi Lê Hoàn cho đào Kênh nhà Lê từ Hoa Lư (Ninh Bình) vào tận tới Đèo Ngang (Hà Tĩnh) với tham vọng nối các con sông nội địa lại với nhau, mở ra tuyến vận tải thủy cho mục đích giao thương và quân sự. Các triều đại lịch sử sau đó, từ Lý, Trần, Hậu Lê tới thời nhà Nguyễn, Kênh nhà Lê đều được mở mang và là chứng nhân của nhiều sự kiện lịch sử.

Đến năm 1964, đế quốc Mỹ leo thang chiến tranh ra miền Bắc Việt Nam, các tuyến đường sắt, đường bộ vào Quảng Bình, Quảng Trị thường bị tắc nghẽn, hủy diệt. Bộ Giao thông vận tải đã cho khai thông lại tuyến Kênh nhà Lê, làm con đường vận tải thủy hữu hiệu đưa hàng hóa qua trọng điểm đánh phá miền trung, giao Cục Đường thủy nội địa triển khai. Chừng 500 km kênh từ Ninh Bình vào Hà Tĩnh được nạo vét, khơi thông lập bến bãi, rà phá bom, thủy lôi, bảo đảm an toàn cho tàu bè qua lại. Năm 1965, chuyến tàu đầu tiên đã xuất hành khởi đầu cho hành trình vận chuyển đến khi hòa bình lập lại ở miền bắc cuối 1972.

Kênh nhà Lê được coi như tuyến đường mòn Hồ Chí Minh trên sông về đóng góp cho sự nghiệp chống giặc Mỹ xâm lược, thống nhất nước Việt Nam.